Growth Scenario - One Initial Infection Seeded, Non-Linear Contact Rate, Clustered Intensification, Paired Networks
Cale Basaraba
Introduction
The following document explores some 3D and 2D methods of visualizing networks.
Parameters
The parameters for these runs:
40 chickens
100 farms
10 simulations per parameter set.
\(\beta\) = 1.44456 – Contact rate
\(\gamma\) = 0.167 – Recovery rate
\(\mu\) = 0 – Base mortality rate
\(\alpha\) = 0.4 – Disease mortality rate
\(\phi\) = 0 – Infectiousness of environmental virions
\(\eta\) = 0 – Degradation of environmental virions
\(\nu\) = 0 – Update rate of environmental virions
\(\sigma\) = 0 – Virion shedding rate
\(\omega\) = 0.03 – Inter-patch movement rate
\(\rho\) = 0.85256 – Contact non-linearity parameter
\(\lambda\) = 0 – External force of infection
\(\tau\)-crit = 5 – Critical surveillance time
\(I\)-crit = 1 – Threshold for reporting
\(\pi\)-report = 0.1 – Reporting probability
\(\pi\)-detect = 0.9 – Detection probability
\(t_c\)-detect = 1 – Mean Time in Days until Culling
Growth Run
Eleven percent of farms have grown in size by an order of magnititude, resulting in the doubling of total chicken population in the system. This intensification occurs in the same region.
## Executing:
## convert -loop 0 -delay 100 Rplot1.png Rplot2.png Rplot3.png
## Rplot4.png Rplot5.png Rplot6.png Rplot7.png Rplot8.png
## Rplot9.png Rplot10.png Rplot11.png Rplot12.png Rplot13.png
## Rplot14.png Rplot15.png Rplot16.png Rplot17.png Rplot18.png
## Rplot19.png Rplot20.png Rplot21.png Rplot22.png Rplot23.png
## Rplot24.png Rplot25.png Rplot26.png Rplot27.png Rplot28.png
## Rplot29.png Rplot30.png Rplot31.png Rplot32.png Rplot33.png
## Rplot34.png Rplot35.png Rplot36.png Rplot37.png Rplot38.png
## Rplot39.png Rplot40.png Rplot41.png Rplot42.png Rplot43.png
## Rplot44.png Rplot45.png Rplot46.png Rplot47.png Rplot48.png
## Rplot49.png Rplot50.png Rplot51.png Rplot52.png Rplot53.png
## Rplot54.png Rplot55.png Rplot56.png Rplot57.png Rplot58.png
## Rplot59.png Rplot60.png Rplot61.png Rplot62.png Rplot63.png
## Rplot64.png Rplot65.png Rplot66.png Rplot67.png Rplot68.png
## Rplot69.png Rplot70.png Rplot71.png Rplot72.png Rplot73.png
## Rplot74.png Rplot75.png Rplot76.png Rplot77.png Rplot78.png
## Rplot79.png Rplot80.png Rplot81.png Rplot82.png Rplot83.png
## Rplot84.png Rplot85.png Rplot86.png Rplot87.png Rplot88.png
## Rplot89.png Rplot90.png Rplot91.png Rplot92.png Rplot93.png
## Rplot94.png Rplot95.png Rplot96.png Rplot97.png Rplot98.png
## Rplot99.png Rplot100.png Rplot101.png Rplot102.png
## Rplot103.png Rplot104.png Rplot105.png Rplot106.png
## Rplot107.png Rplot108.png Rplot109.png Rplot110.png
## Rplot111.png Rplot112.png Rplot113.png Rplot114.png
## Rplot115.png Rplot116.png Rplot117.png Rplot118.png
## Rplot119.png Rplot120.png Rplot121.png Rplot122.png
## Rplot123.png Rplot124.png Rplot125.png Rplot126.png
## Rplot127.png Rplot128.png Rplot129.png Rplot130.png
## Rplot131.png Rplot132.png Rplot133.png Rplot134.png
## Rplot135.png Rplot136.png Rplot137.png Rplot138.png
## Rplot139.png Rplot140.png Rplot141.png Rplot142.png
## Rplot143.png Rplot144.png Rplot145.png Rplot146.png
## Rplot147.png Rplot148.png Rplot149.png Rplot150.png
## Rplot151.png Rplot152.png Rplot153.png Rplot154.png
## Rplot155.png Rplot156.png Rplot157.png Rplot158.png
## Rplot159.png Rplot160.png Rplot161.png Rplot162.png
## Rplot163.png Rplot164.png Rplot165.png Rplot166.png
## Rplot167.png Rplot168.png Rplot169.png Rplot170.png
## Rplot171.png Rplot172.png Rplot173.png Rplot174.png
## Rplot175.png Rplot176.png Rplot177.png Rplot178.png
## Rplot179.png Rplot180.png Rplot181.png Rplot182.png
## Rplot183.png Rplot184.png Rplot185.png Rplot186.png
## Rplot187.png Rplot188.png Rplot189.png Rplot190.png
## Rplot191.png Rplot192.png Rplot193.png Rplot194.png
## Rplot195.png Rplot196.png Rplot197.png Rplot198.png
## Rplot199.png Rplot200.png Rplot201.png Rplot202.png
## Rplot203.png Rplot204.png Rplot205.png Rplot206.png
## Rplot207.png Rplot208.png Rplot209.png Rplot210.png
## Rplot211.png Rplot212.png Rplot213.png Rplot214.png
## Rplot215.png Rplot216.png Rplot217.png Rplot218.png
## Rplot219.png Rplot220.png Rplot221.png Rplot222.png
## Rplot223.png Rplot224.png Rplot225.png Rplot226.png
## Rplot227.png Rplot228.png Rplot229.png Rplot230.png
## Rplot231.png Rplot232.png Rplot233.png Rplot234.png
## Rplot235.png Rplot236.png Rplot237.png Rplot238.png
## Rplot239.png Rplot240.png Rplot241.png Rplot242.png
## Rplot243.png Rplot244.png Rplot245.png Rplot246.png
## Rplot247.png Rplot248.png Rplot249.png Rplot250.png
## Rplot251.png Rplot252.png Rplot253.png Rplot254.png
## Rplot255.png Rplot256.png Rplot257.png Rplot258.png
## Rplot259.png Rplot260.png Rplot261.png Rplot262.png
## Rplot263.png Rplot264.png Rplot265.png Rplot266.png
## Rplot267.png Rplot268.png Rplot269.png Rplot270.png
## Rplot271.png Rplot272.png Rplot273.png Rplot274.png
## Rplot275.png Rplot276.png Rplot277.png Rplot278.png
## Rplot279.png Rplot280.png Rplot281.png Rplot282.png
## Rplot283.png Rplot284.png Rplot285.png Rplot286.png
## Rplot287.png Rplot288.png Rplot289.png Rplot290.png
## Rplot291.png Rplot292.png Rplot293.png Rplot294.png
## Rplot295.png Rplot296.png Rplot297.png Rplot298.png
## Rplot299.png Rplot300.png Rplot301.png Rplot302.png
## Rplot303.png Rplot304.png Rplot305.png Rplot306.png
## Rplot307.png Rplot308.png Rplot309.png Rplot310.png
## Rplot311.png Rplot312.png Rplot313.png Rplot314.png
## Rplot315.png Rplot316.png Rplot317.png Rplot318.png
## Rplot319.png Rplot320.png Rplot321.png Rplot322.png
## Rplot323.png Rplot324.png Rplot325.png Rplot326.png
## Rplot327.png Rplot328.png Rplot329.png Rplot330.png
## Rplot331.png Rplot332.png Rplot333.png Rplot334.png
## Rplot335.png Rplot336.png Rplot337.png Rplot338.png
## Rplot339.png Rplot340.png Rplot341.png Rplot342.png
## Rplot343.png Rplot344.png Rplot345.png Rplot346.png
## Rplot347.png Rplot348.png Rplot349.png Rplot350.png
## Rplot351.png Rplot352.png Rplot353.png Rplot354.png
## Rplot355.png Rplot356.png Rplot357.png Rplot358.png
## Rplot359.png Rplot360.png Rplot361.png Rplot362.png
## Rplot363.png Rplot364.png Rplot365.png 'sim2.gif'## Output at: sim2.gif